Согласно подпункту 1 пункта 2 и пункту 8 ст.45 Налогового кодекса Российской Федерации (НК РФ) взыскание налогов, пеней и штрафов с организаций, которым открыт лицевой счет, производится исключительно в судебном порядке за счет денежных средств в течение шести месяцев после истечения срока исполнения требования об уплате налога, пеней и штрафа (пункты 3, 9, 10 ст.46 НК РФ), а в отношении иного имущества - в течение двух лет со дня истечения срока исполнения требования об уплате налога, пеней и штрафов (пункты 1, 8, 9 ст.47 НК РФ).

В силу подпункта 4 пункта 1 ст.59 НК РФ обязанность по уплате налога и (или) сбора прекращается в случае принятия судом акта, в соответствии с которым налоговый орган утрачивает возможность взыскания недоимки, задолженности по пеням и штрафам в связи с истечением установленного срока их взыскания, в том числе вынесения судом определения об отказе в восстановлении пропущенного срока подачи заявления в суд о взыскании недоимки, задолженности по пеням и штрафам.

Вывод об утрате налоговым органом возможности взыскания налогов, пеней и штрафов в связи с истечением срока их взыскания может содержаться в судебном акте по любому налоговому делу, в том числе в мотивировочной части акта.

Такой судебный акт после вступления его в законную силу является основанием для исключения налоговым органом соответствующих записей из лицевого счета налогоплательщика, на основе данных которого производится сверка расчетов с бюджетом.

Инициировать судебное разбирательство, о котором упоминается в подпункте 4 пункта 1 ст.59  НК РФ, вправе не только налоговый орган, обращающийся в арбитражный суд в порядке главы 26 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации (АПК РФ) с исковым заявлением о взыскании обязательных налоговых платежей, но и налогоплательщик, в том числе путем подачи в суд заявления о признании сумм, возможность принудительного взыскания которых утрачена, безнадежными к взысканию и обязанности по их уплате прекращенной.

Такое заявление налогоплательщика подлежит рассмотрению судом по общим правилам искового производства с учетом положений главы 22 АПК РФ.

В данном случае учреждение является организацией, которой открыт лицевой счет в Управлении Федерального казначейства по Ханты-Мансийскому автономному округу - Югре.

Инспекция в суд за взысканием с учреждения задолженности по налогам, пеням и штрафам не обращалась, о наличии уважительных причин, препятствующих своевременному обращению в суд, не упоминает.

На момент обращения (30.11.2011) учреждения в арбитражный суд сроки исполнения требований об уплате налога, задолженности по пеням и штрафам по состоянию на 25.10.2004, 05.05.2005, 31.01.2006 истекли.

Требование учреждения об установлении факта утраты инспекцией права на взыскание сумм недоимки и задолженности по пеням и штрафам в связи с истечением сроков их взыскания является, по существу, заявлением о признании сумм, возможность принудительного взыскания которых утрачена, безнадежными к взысканию и обязанности по их уплате прекращенной.

Выяснение обстоятельств, касающихся существа заявленных требований, определение характера спорного правоотношения и подлежащего применению законодательства осуществляются при подготовке дела к судебному разбирательству в соответствии со статьями 133 и 135 АПК РФ.

Поскольку указанная обязанность с учетом обоснования заявленного учреждением требования судом первой инстанции не выполнена, дело подлежит направлению на новое рассмотрение в арбитражный суд первой инстанции для рассмотрения заявления по существу исходя из данной в настоящем постановлении квалификации требования учреждения.