Для разрешения настоящего спора существенное значение имеет правовая квалификация отношений, сложившихся между правительством Москвы и кооперативом в рамках контракта, заключенного между публичным образованием (городом Москвой) и частным лицом, как обязательственных.
Аналогичная  позиция  выражена  в  постановлении Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 06.09.2011 N 4784/11 по делу №А40-133603/09-122-977.

Требование правительства Москвы, являющегося стороной контракта, о передаче ему недвижимого имущества, построенного в ходе реализации инвестиционного проекта, является, по сути, требованием об исполнении договора другой стороной - кооперативом.
Статьями 195 и 196 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее - "ГК РФ") установлен трехлетний срок для защиты права по иску лица, право которого нарушено. При этом течение срока исковой давности по обязательствам с определенным сроком исполнения начинается по окончании срока исполнения. По обязательствам, срок которых не определен либо определен моментом востребования, течение исковой давности начинается с момента, когда у кредитора возникает право предъявить требование об исполнении обязательства, а если должнику предоставляется льготный срок для исполнения такого требования, исчисление исковой давности начинается по окончании указанного срока (пункт 2 ст.200 ГК РФ).
Право правительства Москвы требовать от кооператива раздела возведенного в ходе реализации инвестиционного проекта недвижимого имущества и соответствующая этому праву обязанность кооператива передать в собственность правительства Москвы данное имущество возникли после сдачи объекта в эксплуатацию (пункт 5.1.4 контракта), то есть 07.10.2003. При этом неподписание акта о реализации инвестиционного проекта само по себе не означает, что установленная контрактом обязанность лица, возведшего недвижимое имущество, по передаче спорного имущества не возникла, а кредитор по обязательству не приобрел право требовать передачи имущества, причитающегося ему по договору, в том числе в судебном порядке.

Вступившие в законную силу судебные акты арбитражных судов по делам со схожими фактическими обстоятельствами, принятые на основании нормы права в истолковании, расходящемся с содержащимся в настоящем постановлении толкованием, могут быть пересмотрены на основании пункта 5 части 3 ст.311 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, если для этого нет других препятствий.

Постановление Президиумак ВАС РФ от 24.01.2012  №ВАС-11450/11,  дело №А40-124539/09-54-801.